La structure tertiaire

Exemple d’une sous-unité de l’hémoglobine de Caudina arenicola (le concombre de mer).

PDB ID: 1HLM
F. Mauri, J. Omnaas, L. Davidson, C. Whitfill, G.B. Kitto (1991). Amino-acid sequence of a globin from the sea cucumber Caudina (molpadia) arenicola. Biochim. Biophys. Acta, 1078:63.

• Trouver une représentation permettant de simplifier l’observation de l’architecture de cette protéine.
• Où se trouvent majoritairement les résidus hydrophobes dans la structure ?
• Où se trouvent majoritairement les résidus polaires ?
• Comment pouvez-vous expliquer cela ?

• Il existe un cofacteur dans cette protéine ; le localiser et choisir une représentation permettant de le visualiser. Faire un schéma de sa structure.
• Quel est l’atome central dans ce cofacteur qui est crucial pour la fonction de l’hémoglobine ?
• Dans cette structure, quel est le ligand fixé sur ce cofacteur ? Dans quelle situation physiologique sommes-nous ?